Należą do tej grupy chemikalia zawierające substancje niebezpieczne, odczynniki chemiczne wykorzystywane w laboratoriach i aptekach, a także przy badaniach diagnostycznych. Zaliczamy do nich także opakowania po odczynnikach chemicznych. Ponadto za odpady specjalne uważa się różnego rodzaju leki, nieopróżnione do końca opakowania po lekach, przeterminowane leki w oryginalnych opakowaniach, komponenty infuzyjne a także amalgamatu dentystycznego. Kod odpadów specjalnych – 180106/-08/-10

Miejscem ich przechowywania są odpowiednio przystosowane pomieszczenia i stacjonarne urządzenia chłodnicze – zgodnie z Rozp. Min. Zdrowia z dnia 30.07.2010 roku w sprawie szczegółowego postępowania z odpadami medycznymi.
Magazynowanie odbywa się w temperaturze od 10 ° C do 18 ° C tak długo, jak pozwalają na to właściwości odpadów, jednak nie dłużej niż 72 godziny. W temperaturze poniżej 10 ° C okres magazynowania może trwać do 30 dni.
Odpady medyczne specjalne pakuje się do jednorazowych worków z folii polietylenowej, koloru żółtego, nieprzeźroczystych, odpornych na działanie wilgoci i środków chemicznych. Odpady o ostrych krawędziach umieszcza się w sztywnych pojemnikach jednorazowego użytku, odpornych na uszkodzenia mechaniczne. Pojemniki i worki wolno zapełniać w 2/3 ich objętości, każdy pojemnik i worek powinien posiadać w widocznym miejscu oznaczenie: kod odpadów, datę zamknięcia oraz adres wytwórcy.
Dopuszczalne sposoby unieszkodliwiania to: termiczne przekształcanie odpadów, obróbka fizyko-chemiczna, działanie mikrofalami.